Il 16 agosto 1936 inizia la presenza dei Salesiani a Varese con un pensionato per ragazzi.
A renderlo possibile è stata la signora Emilia Olgiati Maroni, che ha lasciato la sua villa in eredità ai Salesiani e che sarà ricordata sempre come la grande Benefattrice.
Da quel giorno l'Opera salesiana ha contribuito a formare migliaia di ragazzi e ragazze, e ad accompagnare le loro famiglie.
La Scuola Media autorizzata ha inizio il 16 ottobre 1945 e il 14 giugno 1947 ottiene il riconoscimento legale dal Ministero dell'Istruzione.
Nel 2001 la nostra Scuola raggiunge la parità come Secondaria di Primo Grado Paritaria  e diviene sempre più di qualità secondo la grande tradiziione educativa, lasciataci da don Bosco con il suo "Sistema Preventivo".
Tra i tanti allievi/e che meriterebbero di essere ricordati per i loro meriti professionali, sociali, civili e cristiani, ricordiamo per tutti Domenichino Zamberletti, che con la sua vita ha lasciato un vivo ricordo di “vera santità adolescenziale" in Varese.
        
L'Opera Salesiana oggi fa parte di una più vasta realtà sul territorio ed è l'Ispettoria Salesiana di Lombardia, Emilia-Romagna, San Marino e Lugano,
che comprende ben 25 opere, con scuole, oratori, parrocchie, centri per ragazzi in difficoltà, collegi universitari, centri di comunicazione sociale ...
L'Ispettoria, con sede a Milano, è una delle 94 ispettorie salesiane sparse nei cinque continenti in ben 130 nazioni. I Salesiani nel mondo sono 15.763 (2010), vivono la vita di comunità e rendono vivo il carisma e la missione di don Bosco.
Il Rettor Maggiore (Superiore generale) si chiama don Pascual Chavez Villanueva (messicano) ed è il IX successore di san Giovanni Bosco.

Don Bosco ha dato vita ad una famiglia spirituale, la Famiglia Salesiana, che conta oggi ben 28 gruppi sparsi nel mondo. Egli stesso ne ha fondati altri 4 oltre alla Congregazione salesiana: le Figlie di Maria Ausiliatrice (FMA: oggi 14.655), i Salesiani cooperatori (laici: oggi 30.000), la Federazione degli Exallievi/e di don Bosco (oggi 97.357) e l'Associazione di Maria Ausiliatrice (ADMA: oggi 80.000).

A Varese i Salesiani gestiscono la scuola media paritaria, una chiesa pubblica collegata alla Basilica di S. Vittore, il servizio pastorale alle due comunità FMA,  la libreria don Bosco, iniziative a servizio dei giovani in difficoltà ed animano gli Amici di don Bosco e Associazione ADMA.

L'Istituto Salesiano in una foto d'epoca del 1936		L'Istituto Salesiano oggi